W paleogenie nastąpiły duże zmiany w rozkładzie kontynentów i mórz. Stopniowo rozszerzały się Oceany Atlantycki i Indyjski, zmniejszały natomiast Oceany Tetydy i Spokojny. Subkontynent indyjski (Dekan) zderzył się z Azją, a Australia oderwała się od Antarktydy. Zbliżanie się Afryki do Europy powodowało wypiętrzanie się łańcuchów górskich, wskutek silnych ruchów górotwórczych orogenezy alpejskiej (fazy pirenejska, helwecka i sawska).